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한국기초과학지원연구원 조직도는 조직도 최상단 기준으로 원장, 감사부, 다목적 방사광가속기 구축사업단,  국가연구시설장비진흥센터(하위 조직 : 장비정책팀, 장비심의팀, 장비활용팀, 장비정보팀, 대형연구시설 지원팀), 부원장, 5개 본부(분석과학 연구본부(하위 조직 : 소재분석 연구부, 환경분석 연구부, 바이오융합 연구부, 연구지원 1팀), 연구장비개발 운영본부 (하위 조직 : 연구장비 개발부, 연구장비 운영부(하위 조직 : 전자현미경·분광분석팀, 바이오화학 분석팀, 환경분석팀, 기술지원팀), 연구지원2팀, 오창행정팀, 연구장비평가·활용팀), 지역분석 과학본부(하위 조직 : 서울센터, 부산센터, 대구센터, 광주센터, 전주센터, 춘천센터, 서울 서부센터), 정책본부(하위 조직 : 정책성과부(하위 조직 : 연구전략팀, 성과확산팀), 대외협력부(하위 조직 : 홍보협력팀, 과학문화팀)), 경영본부(하위 조직 : 기획부 (하위 조직 : 경영기획팀, 예산팀, 연구글로벌 사업팀, 정보전산팀, 연구장비산업 육성팀), 행정부(하위 조직 : 인사노무팀, 총무회계팀, 구매자산팀, 안전시설팀)) 순서로 구성되어 있습니다.

KBSI 원장 감사부 다목적방사광가속기구축사업단 국가연구시설장비진흥센터 부원장 대덕분석과학본부 소재분석연구부 대덕연구장비운영부 전자현미경·분광분석팀(대덕) 바이오화학분석팀(대덕) 대덕연구지원실 오창분석과학연구소 환경분석연구부 바이오융합연구부 오창연구장비운영부 전자현미경·분광분석팀(오창) 바이오화학분석팀(오창) 환경분석팀(오창) 행정지원실 오창연구지원실 지역거점연구소 서울센터(행정전담) 부산센터(행정전담) 대구센터(행정전담) 광주센터(행정전담) 전주센터(행정전담) 춘천센터(행정전담) 서울서부센터(행정전담) 연구장비산업본부 연구장비개발부 기술지원실 연구장비평가・활용실 연구장비산업육성실 연구전략본부 연구정책실 가속기전략팀 성과확산실 기술사업화팀 기획예산본부 기획실 예산실 연구관리실 행정지원본부 총무복지실 재무팀 구매자산실 안전시설실 안전팀 정보전산실 정보보안팀 경영지원본부 인적자원개발실 인재경영팀 대외협력실 창의교육실

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한국기초과학지원연구원 조직도는 조직도 최상단 기준으로 원장, 감사부, 다목적 방사광가속기 구축사업단, 국가연구시설장비진흥센터, 부원장, 8개 본부(대덕분석과학본부(하위 조직 : 소재분석연구부, 대덕연구장비운영부(하위조직 : 전자현미경·분광분석팀(대덕), 바이오화학분석팀(대덕)), 대덕연구지원실), 오창분석과학연구소(하위 조직 : 환경분석연구부, 바이오융합연구부, 바이오융합연구부, 오창연구장비운영부(하위조직 : 전자현미경·분광분석팀(오창), 바이오화학분석팀(오창), 환경분석팀(오창)), 행정지원실, 오창연구지원실),지역거점연구소(하위 조직 : 서울센터, 부산센터, 대구센터, 광주센터, 전주센터, 춘천센터, 서울 서부센터), 연구장비산업본부(하위 조직 : 연구장비개발부, 기술지원실, 연구장비평가・활용실, 연구장비산업육성실), 연구전략본부(하위 조직 : 연구정책실 (하위 조직 : 가속기전략팀), 성과확산실(하위 조직 : 기술사업화팀)), 기획예산본부(하위조직 : 기획실, 예산실, 연구관리실), 행정지원본부(하위조직 : 총무복지실(하위조직 : 재무팀), 구매자산실, 안전시설실(하위조직 : 안전팀), 정보전산실(하위조직 : 정보보안팀)), 경영지원본부(하위조직 : 인적자원개발실(하위조직 : 인재경영팀), 대외협력실, 창의교육실) 순서로 구성되어 있습니다. KBSI 원장 다목적방사광가속기구축사업단 감사부 국가연구시설장비진흥센터 부원장 대덕분석과학본부 소재분석연구부 대덕연구장비운영부 전자현미경·분광분석팀(대덕) 바이오화학분석팀(대덕) 대덕연구지원실 오창분석과학연구소 환경분석연구부 바이오융합연구부 오창연구장비운영부 전자현미경·분광분석팀(오창) 바이오화학분석팀(오창) 환경분석팀(오창) 행정지원실 오창연구지원실 지역분석과학본부 서울센터(행정전담) 부산센터(행정전담) 대구센터(행정전담) 광주센터(행정전담) 전주센터(행정전담) 춘천센터(행정전담) 서울서부센터(행정전담) 연구장비산업본부 연구장비개발부 기술지원실 연구장비평가・활용실 연구장비산업육성실 연구전략본부 연구정책실 가속기전략팀 성과확산실 기술사업화팀 기획예산본부 기획실 예산실 연구관리실 행정지원본부 총무복지실 재무팀 구매자산실 안전시설실 안전팀 정보전산실 정보보안팀 경영지원본부 인적자원개발실 인재경영팀 대외협력실 창의교육실